În vara anului 1960, dupa absolvirea scolii ca sef de promotie la arma tancuri, i se acorda gradul de locotenent si este numit în functia de comandant al plutonului 2 tancuri din compania a 4-a a Regimentului 68 Tancuri si Autotunuri.
Calitatile sale militare si pedagogice îl impun înca din primul an de activitate ca excelent instructor. Ca urmare, între 15 iunie 1961 si 6 septembrie 1966, va indeplini functiile de comandant pluton si companie elevi la Şcoala Militară Superioara de Ofiţerti de Tancuri şi Auto din Piteşti. Perioada este marcata de rezultate remarcabile, plutonul instruit de locotenentul Gusa fiind declarat prima subunitate de elevi de frunte din Armata. La 30 decembrie 1963 va fi avansat la gradul de locotenent major, iar peste numai doi ani, la 30 decembrie 1965, in mod exceptional, la gradul de capitan.
Intre 1966-1972, va urma cursurile Academiei Militare Generale, Sectia Tancuri si Auto din cadrul Facultatii Militare Tehnice, unde se va remarca ca student – intre altele – prin calitatile de cercetator stiintific in domeniul studierii flotabilitatii vehiculelor blindate anfibii. La 30 decembrie 1971 va fi avansat la gradul de maior. Ca o recunoastere a calitatilor sale, dupa absolvire va fi numit preparator la Catedra Tehnica de Tancuri si Auto, functie pe care o va indeplini din martie pana in octombrie 1972. Aptitudinile deosebite demonstrate în perioada cât a îndeplinit functii de comanda au dus la numirea sa în functia de comandant al Regimentului 6 Tancuri „Ion Buteanu”, din garnizoana Turda, la 7 octombrie 1972.
Comanda regimentului a detinut-o pâna la 13 august 1976, cu o mica întrerupere, între 1 decembrie 1975 si 31 mai 1976, când a urmat Cursul postacademic de perfectionare, Sectia arme întrunite.
Prestatia sa la comanda Regimentului 6 Tancuri îi aduce o noua avansare în mod exceptional la gradul de locotenent-colonel la 23 august 1974. În 13 august 1976 este numit în fruntea statului major al Diviziei 6 Tancuri „Horia, Closca si Crisan”. La 23 august 1979, este avansat colonel inginer, din nou înainte de expirarea duratei de stagiu în grad.
Desi functia de sef de stat major de divizie era deosebit de solicitanta, Stefan Gusa nu neglijeaza pregatirea profesionala, urmând între 1 august si 30 noiembrie 1978 un curs de perfectionare a pregatirii pe linie de organizare-mobilizare.
Cursul ascendent al carierei sale militare, determinat în exclusivitate de aptitudinile si rezultatele deosebite obtinute în functiile pe care le-a îndeplinit, este continuat prin numirea sa, la 10 noiembrie 1981 la comanda Diviziei 6 Tancuri „Horia, Closca si Crisan” al carei sef de stat major fusese timp de sase ani.
În perioada 15 septembrie 1982-14 iulie 1983 a urmat Cursul postacademic superior.
Este înaintat la gradul de general-maior (general de brigada) la 23 august 1984, iar ulterior, la 25 septembrie 1986, este promovat în functia de prim-adjunct al ministrului Apararii Nationale si Șef al Marelui Stat Major.
Evenimentele din decembrie 1989 îl gasesc pe generalul Stefan Gusa în fruntea Marelui Stat Major. Activitatea lui este marcata acum de trei momente care l-au definit ca mare patriot.
La Timisoara, vazând amploarea manifestarilor si caracterul acestora – altele decât ceea ce se afirmase în comunicatele oficiale – a ordonat sa nu se traga în manifestanti, iar în urma vizitei la o mare întreprindere timisoreana, muncitorii care l-au ascultat au lansat lozinca „Armata e cu noi!”, scandata apoi în întreaga tara. Întors la Bucuresti, unde prin disparitia generalului Vasile Milea a preluat si prerogativele de ministru al al Apararii Nationale, a ordonat efectivelor militare sa se întoarca în cazarmi si apoi sa apere institutiile statului care trecusera de partea revolutiei. În acelasi timp s-a opus cu hotarâre intrarii oricaror trupe straine în tara, pentru apararea independentei si suveranitatii nationale.
La 28 decembrie 1989 a fost eliberat din functia de Șef al Marelui Stat Major si numit sef de stat major (si prim-loctiitor al comandantului) la Armata a 4-a. La scurt timp, în 26 februarie 1990 a fost numit comandant al Armatei a 2-a, al carei comandament era dislocat la Buzau.
În functia de comandant al Armatei a 2-a, se afla la 28 martie 1994, când moare în urma unei boli necrutatoare, care i-a curmat cariera militara de exceptie si a lipsit armata româna de unul dintre stralucitii ei reprezentanti.